Babar a fost inchis in 2004, dupa ce a pledat vinovat la toate cele cinci capete de acuzare. Acesta a construit, in Pakistan, o baza de antrenament, unde Mohammad Khan si ceilalti teroristi britanici au invatat cum sa construiasca o bomba si sa foloseasca armele. Babar a recunoscut ca este un terorist periculos, avand legaturi cu membri importanti din gruparea al-Qaida, carora le-a furnizat bani si echipamente, se ocupa cu traficul de arme si ca a incercat de doua ori sa il asasineze pe fostul presedinte pakistanez, generalul Pervez Musharaf. Intr-o intelegere cu procurorii, Babar a fost de acord sa pledeze vinovat si sa devina un informator in schimbul reducerii pedepsei. Graham Foulkes, un magistrat al carui fiu de 22 de ani a fost ucis de Khan in statia de metrou Edgware Road, in 2005, se revolta in fata deciziei de eliberare: "Oamenii primesc patru ani si jumatate pentru furt. Pot primi mai mult pentru incalcarea unor reguli de circulatie. Asa ca, pentru un terorist international care are legatura directa cu moartea fiului meu si a altor zeci de oameni, aceasta pedeapsa este strigatoare la cer". 52 de persoane si-au pierdut viata si 784 au fost ranite pe data de 7 iulie 2005, cand patru sinucigasi cu bomba au detonat rucsacurile pline cu explozibili in metroul din Londra. Clifford Tibber, avocatul care a reprezentat familiile victimelor si al supravietutorilor, a spus ca a fost devastat cand a aflat ca Babar a stat inchis doar o mica parte din pedeapsa sa. "Babar a recunoscut ca a infiintat si finantat taberele de antrenament frecventate de teroristii din 7 iulie", a spus Tibber. "Cand guvernul britanic l-a eliberat pe Megrahi, teroristul din Lockerbie care a primit pedeapsa cu inchisoarea pe viata, dupa opt ani din motive de compasiune, americanii au fost furiosi. Imaginati-va cum se simt cei indoliati si supravietuitorii acum". Remarca facuta de judecatorul care l-a condamnat pe Babar, cum ca acesta ar fi "cooperat inca dinaintea arestarii sale", indica faptul ca acesta ar fi putut fi informatorul guvernului SUA inca dinaintea arestarii sale in aprilie 2004 de catre FBI. Dupa ce a pledat vinovat in 2004, Babar a petrecut o mare parte din cei patru ani si jumatate in afara inchisorii. Acesta a participat ca martor la procese din Marea Britanie si Canada, intalnindu-se cu ofiteri din intreaga lume.
Teroristul care a antrenat autorii atentatului din Londra, informator SUA?

Timpul scurt petrecut in inchisoare se explica prin faptul ca judecatorul a considerat colaborarea sa ca fiind una exceptionala, luandu-se in considerare informatiile pe care le-a pus la dispozitie inca dinaintea arestarii sale. Acest fapt a ridicat intrebarea daca nu cumva Mohamed Junaid Barbar era informator al americanilor in momentul in care a ajutat la antrenarea coordonatorului atacurilor cu bomba din 7 iulie 2005, scrie The Guardian.
Avocatii familiilor victimelor si supravietuitorilor acelor atacuri au comparat tratamentul aplicat lui Babar cu eliberarea autorului atacului cu bomba din Lockerbie, Abdelbaset al-Megrahi.